Molekularni sat je koncept u molekularnoj biologiji koji se odnosi na hipotezu da se genetske mutacije akumuliraju u konstantnoj brzini tokom evolucije. Ova ideja omogućava naučnicima da procene vreme divergencije između vrsta upoređivanjem njihovih genoma. Molekularni sat se koristi u filogeniji za rekonstrukciju evolucionih stabala i praćenje evolucionih događaja. Preciznost molekularnog sata zavisi od stope mutacija u određenim genima i može varirati među različitim vrstama i genima. Ova metoda je bila ključna u razumevanju evolucionih odnosa među živim bićima i u proceni vremena ključnih evolucionih događaja. Molekularni sat je i dalje predmet istraživanja i debate, posebno u pogledu faktora koji utiču na brzinu mutacija.
