Mikrobiom se odnosi na ukupnost mikroorganizama – bakterija, virusa, gljivica i protozoa – koji naseljavaju određeno okruženje, uključujući ljudsko telo. Mikrobiomi su ključni za zdravlje i funkcionisanje ekosistema i organizama, uključujući probavni sistem, kožu i respiratorni sistem kod ljudi. Mikrobiom čoveka igra važnu ulogu u probavi, imunološkom odgovoru i zaštiti od patogenih mikroorganizama. Istraživanja mikrobioma donose nova saznanja o uticaju mikroorganizama na bolesti, kao i o potencijalima za njihovo korišćenje u terapeutskim ciljevima, kao što su probiotici i fekalni transplantati. Studija mikrobioma je postala ključna u razumevanju složene interakcije između ljudi i mikroorganizama.